Անցած ամռանից ի վեր, մինչև գործով մեղադրյալ ներգրավվելը Մոսկվա մեկնած Հարությունյանը, սակայն, ասաց, որ գործերն ավարտելուն պես կվերադառնա։ Չնայած, ինչպես նրան խորհուրդ է տվել իր փաստաբան Միհրան Պողոսյանը, Հայաստան վերադառնալուց առաջ պետք է ծանր ու թեթև անի, թե Հայաստան ինչ ակնկալիքով է վերադառնում, և ինչպիսի արդարադատության համակարգի հետ է գործ ունենալու։
«Ստեղ ես իմ գործերը դեռևս չեմ ավարտել, և դրան նաև խոչընդոտում ա էդ հետախուզման հանգամանքը: Ո՛չ հետախուզումը, ո՛չ կալանքի առկայությունը կամ բացակայությունը որևէ խոչընդոտ լինել չեն կարող վերադառնալու համար: Իսկ ժամկետների առումով դեռևս հստակ բան ասել չեմ կարող», - «Ազատության» հետ հեռախոսազրույցում ասաց Հարությունյանը:
2008-ի մարտյան արյունալի իրադարձությունների գործը քննած նախկին քննչական խմբի ղեկավարին սկզբում մեղադրանք առաջադրվեց «Մարտի 1-ի» գործով կարևոր ապացույցներ կեղծելու մեջ։ Իսկ արդեն դեկտեմբերի 26-ին Հատուկ քննչական ծառայությունը հայտարարեց, որ լրացրել է մեղադրանքը, և Հարությունյանը նաև մեղադրվում է անզգուշությամբ ծանր հետևանքներ առաջացրած պաշտոնեական լիազորությունների չարաշահման և բռնությամբ զուգորդված պաշտոնեական լիազորություններն անցնելու մեջ։
Սկզբում դատարանը նրան կալանավորելու որոշում էր կայացրել, ինչից հետո Վերաքննիչ դատարանը վերացրել էր այս որոշումը։ Դեկտեմբերի 30-ին արդեն դատարանը բավարարեց ՀՔԾ-ի միջնորդությունն ու Հարությունյանին կալանավորելու որոշում կայացրեց։
Հարությունյանը, ով շինծու է որակում իրեն առաջադրված մեղադրանքը, պնդում է, թե իրեն հետապնդման են ենթարկում։ Թե՛ նա, թե՛ իր պաշտպանը նաև պնդում են, որ դատարանն առանց իրենց իրազեկելու է նիստն անցկացրել։
Հարությունյանը պնդում է նաև, որ իր լրացված մեղադրանքի մասով դեռ ամռանն է ՀՔԾ-ն գործ հարուցել։
«Ինչո՞ւ որոշեցին ամիսներ անց առաջադրել մեղադրանք,- հարցնում է Վահագն Հարությունյանը: - «Օգոստոս ամսից մինչև հիմա էդ փաստը եղել է նախաքննության առարկա: Եվ անհասկանալի է, թե ինչ փոխվեց Վերաքննիչ դատարանի որոշումից հետո, երբ խափանման միջոց կալանքը վերացվեց, և դառավ արդեն հիմնավոր, որ ապացույցները բավարար են նման մեղադրանք առաջադրելու համար․․․ Միանշանակ ոչինչ չի փոխվել․․․ Այսինքն, ի սկզբանե խնդիր է եղել կոնկրետ ինձ որևէ բանում մեղադրյալ ներգրավելու: Ակնհայտ է, որ դրված է եղել նման խնդիր»:
Իշխանափոխությունից հետո մի քանի ամսվա ընթացքում Հատուկ քննչական ծառայությունը մի շարք հայտարարություններ արեց «Մարտի 1-ի» գործի մասին: Մասնավորապես նշեց, որ բանակը ներգրավված է եղել հանրահավաքի մասնակիցների դեմ տեղի ունեցած գործողություններում, բացի դա, ըստ ՀՔԾ պետ Սասուն Խաչատրյանի, ոստիկանության զինծառայող Տիգրան Աբգարյանը սպանվել է արտակագ դրություն մտցնելուց հետո, որպեսզի հիմնավորվի այդ հրամանագրի անհրաժեշտությունը, որ Լեոյի փողոցի վրա հատուկ ջոկատայինները կրակ են բացել տների վրա, բանակի զինվորներին դարձրել են վարձկաններ ցույցների մասնակիցների դեմ գործողություններում, ինչպես նաև օլիգարխների թիկնազորին են ներգրավել այդ գործողություններում։
«Ազատության» դիտարկմանը, թե նման տեղեկատվություն անցած տարիներին իր ղեկավարած քննչական խումբը ձեռք չի բերել, և հարցին, թե ինչպես ստացվեց, որ այս կարճ ժամանակահատվածում նոր իշխանությանը հաջողվեց այս տեղեկատվությունը ձեռքբերել, Հարությունյանը պատասխանեց․ - «Էդ տեղեկությունները, նամանավանդ Տիգրան Աբգարյանի մասով, հիվանդ մարդու․․․ հիվանդ չէ՝ շահագրգիռ մարդու երևակայության արդյունքներ են: Իսկ ո՞վ ասեց, որ բանակը էնտեղ չի եղել: Իսկ ո՞վ բացառեց, որ բանակը որևէ պարագայում չէր կարող զենք կիրառած լիներ: Նախաքննությունը երբևէ նման բան չի ասել: Որևէ մեկը իմ աշխատած տարիներին, դրանից հետո էլ ես չեմ լսել, որ նախաքննություն իրականացնող անձանցից որևէ մեկը անի եզրահանգում, որ բանակը կոնկրետ զանգվածային անկարգությունների դեպքի վայրում կամ դրա մերձակայքում չի եղել: Պարզե՞լ են, որ բանակը զենք ա կիրառել, պարզե՞լ են ինչ հանգամանքներում՝ թող գնահատական տան: Իմ հետ ի՞նչ կապ ունի դա»:
Մարտի 1-ի զոհերից Գոռ Քլոյանի հայրը՝ Սարգիս Քլոյանն «Ազատության» հետ զրույցում նշեց, ինքն ու իր բախտակիցներն են տարիներ շարունակ գործ ունեցել Վահագն Հարությունյանի հետ և կարող է պնդել, որ նա գործը կոծկել է․ - «Թող գա իր անմեղությունը ապացուցի»:
«Ազատությանն» ի պատասխան ՀՔԾ-ից փոխանցեցին, որ չեն մեկնաբանում Հարությունյանի խոսքերը և նրան առաջարկում են քննությունից չթաքնվել, ներկայանալ նախաքննական մարմին և իր ասելիքը հայտնել իրավական ընթացակարգի շրջանակներում։
Ըստ նախաքննական մարմնի,Վահագն Հարությունյանը կազմակերպել է ապացույցների կեղծումը՝ մասնավորապես նպատակ ունենալով թաքցնել 2008 թվականի մարտի 1-2-ին Երևանում տեղի ունեցած իրադարձությունների ժամանակ «ՀՀ զինված ուժերի հակասահմանադրական օգտագործման, այդ թվում՝ զինված ուժերի ծառայողների կողմից հրազենի ապօրինի գործադրման իրական հանգամանքները»:
Նրա ցուցումով դեպքի վայրի տարբեր տեղամասերից զննությամբ հայտնաբերված տարբեր տեսակի և տրամաչափի հրազեններից կրակված, իրեղեն ապացույց հանդիսացող շուրջ 1000 պարկուճները փոխարինվել են ՀՀ ոստիկանության զորքերի սպառազինության մեջ մտնող նույն տեսակի այլ հրազեններից կրակված պարկուճներով: