Լևոն Հայրապետյանին պաշտոնական մեղադրանքն առաջադրվել է Матросская тишина մեկուսարանում՝ Ռուսաստանի Դաշնության քրեական օրենսգրքի երկու հոդվածներով՝ հանցավոր ճանապարհով ձեռք բերված փողերի լվացում և յուրացում։
Առաջադրված մեղադրանքները մինչև տասը տարվա ազատազրկում են ենթադրում։ Յուրացման տակ քննչական մարմինը հասկանում է այն գումարը, որը Հայրապետյանը ստացել է որպես միջնորդ՝ կազմակերպելով Բաշկիրիայի նախկին նախագահի որդու՝ Ուրալ Ռախիմովին պատկանող բաշկիրյան նավթային ակտիվների վաճառքը «Սիստեմա» ընկերությանը։ Այս գումարն, ըստ ռուս իրավապահների, կարող էր կազմել 50 միլիոն դոլար։
«Բաշնեֆտ»-ի գործում Հայրապետյանն առաջին մեղադրյալն է։ Քրեական գործը հարուցվել է Ուրալ Ռախիմովի դեմ, սակայն վերջինն ազատության մեջ է, և ըստ ռուսական մամուլի, բնակվում է Ավստրիայում։
Քննչական մարմինը Հայրապետյանին համարում է կրտսեր Ռախիմովի հիմնական հանցակիցը։ Ռուսական «Վեդոմոստի»-ի փոխանցմամբ՝ Հայրապետյանի ձերբակալությունից հետո մոսկովյան ֆոնդային բորսաներում նվազում է «Բաշնեֆտ»-ի և «Սիստեմա»-ի բաժնետոմսերի արժեքը։
Նախօրեին նույն գործի շրջանակներում հարցաքննվել է նաև «Սիստեմա»-ի հիմնական բաժնետեր Վլադիմիր Եվտուշենկովը։ Նա տեղի ունեցածը ընկերության վրա «ռեյդերային հարձակում» է որակել՝ չբացահայտելով, սակայն, կազմակերպչին։
Հայրապետյանի մտերիմները կարծում են, որ նա կորպորատիվ պատերազմի զոհ է։ Ինքը՝ գործարարը, ըստ ռուսական մամուլի, երեկ հայտարարել է, որ իր նկատմամբ պատվեր է իրականացվում։
Ղարաբաղի Ազգային ժողովի նախկին պատգամավոր, «Արցախգազ»-ի նախկին տնօրեն, Վանք գյուղում Հայրապետյանի իրականացրած ծրագրի նախկին գործադիր տնօրեն Մաքսիմ Միրզոյանն «Ազատության» հետ զրույցում կարծիք հայտնեց, թե գործարարին կալանավորել են Ադրբեջանի պատվերով, նրանց մտահոգում էր Հայրապետյանի բարեգործությունը։
«Ռուսաստանը էսօր ընկել է մանդրաժի մեջ՝ «Բոինգ»-ի, Ուկրաինայի հարցով... իրենց քայլը արել են»,- ասաց Միրզոյանը։
Թեև Հայրապետյանի և Ռուսաստանի իշխանության ներկայացուցիչների հարաբերությունները միշտ ջերմ են եղել, բայց, Միրզոյանի կարծիքով, քաղաքական խաղերում ամեն ինչ տեղի է ունենում։ Նա կարծում է՝ Հայրապետյանին չեն դատի։
Լևոն Հայրապետյանը շարունակում է գտնվել Матросская тишина մեկուսարանում։ Նրա օգնական Դավիթ Երանյանի խոսքով՝ առողջական վիճակը թույլ չի տալիս գործարարին ամբողջությամբ մասնակցել քննչական գործողություններին։ Փաստաբանական խումբը նախկինի նման զբաղվում է գործարարին քաղաքացիական հիվանդանոց տեղափոխելու հարցով։ Նրան կալանավորելու վերաբերյալ որոշումը բողոքարկվել է։
«Ֆեյսբուք»-ում ստեղծվել է «Ազատություն» Լևոն Հայրապետյանին» խումբը։ «Արցախպրես»-ի փոխանցմամբ՝ 2008-ին Ղարաբաղում Հայրապետյանի նախաձեռնությամբ անցկացված «Մեծ հարսանիքի» մասնակից 674 զույգերը այսօր Ռուսաստանի Դաշնության պետական մարմիններից պահանջել են ազատ արձակել բարերարին։