Այս պաշտոնին Հարությունյանը նշանակվել էր 2014 թվականի սեպտեմբերին, ավելի վաղ երեք տարի ղեկավարել էր 2008 թվականի մարտի 1-2-ի իրադարձությունների գործով քննչական խումբը: 2015-ի սեպտեմբերին նրան շնորհվել է արդարադատության գեներալ-մայորի կոչում:
Հարությունյանը հանրությանը հայտնի դարձավ Մարտի 1-ի գործի քննության ժամանակ։ Տարիներ շարունակ քննելով գործը՝ նրանից դժգոհություն էին հայտնում թե՛ Մարտի 1-ի զոհերի հարազատները, թե՛ 2008-ի մարտյան իրադարձությունների ժամանակ քաղաքացիների բողոքի ակցիաներն առաջնորդող ընդդիմադիր Հայ ազգային կոնգրեսը:
Մարտի 1-ի գործով փաստահավաք խմբի նախկին անդամ Անդրանիկ Քոչարյանն «Ազատության» հետ զրույցում կարծիք հայտնեց, որ Հարությունյանի ազատումը նաև առնչություն ունի Մարտի 1-ի գործի հետ․ - «Ես կարծում եմ, որ Հայաստանում փոփոխություններ են տեղի ունեցել, և Վահագն Հարությունյանը չէր կարող մնալ իր զբաղեցրած պաշտոնում: Դա Մարտի 1-ի հետ էլ ա կապված․ պաշտոնավարման ընթացքում, որպես քննչական խմբի ղեկավար թույլ տված սխալների հետ: Այսինքն, ինքը էսպես թե էնպես պետք է էդ պաշտոնից ազատվեր: Պարզապես հիմա իրականացվում են ոչ թե իմիտացիոն, այլ ռեալ բացահայտումներ, և բնականաբար այդ բացահայտումները ենթադրում են, որ բոլոր գործ սարքողները կամ գործ կոծկողները պետք է ենթարկվեն պատասխանատվության: Իհարկե, իր հրաժարականը դեռ պատասխանատվության խնդիր չէ: Ինքը պարզապես կա՛մ գիտակցել է, կա՛մ իրեն հասկացրել են, որ այլևս ցանկալի չէ, որ ինքը գտնվի այդ պաշտոնում»:
Տասը տարի առաջ Երևանի կենտրոնում տեղի ունեցած արյունալի իրադարձություններից հետո նախագահի հրամանով ձևավորված փաստահավաք խմբի ընդդիմադիր անդամ Անդրանիկ Քոչարյանի համոզմամբ՝ Վահագն Հարությունյանը պետք է կանչվի Հատուկ քննչական ծառայությունում հարցաքննության, քանի որ, լինելով քննչական խմբի նախկին ղեկավար, տիրապետել է շատ մեծ տեղեկատվության․ - «Հատկապես այն առումով, թե ովքեր էին իրեն ստիպում, որպեսզի ինքը իրականացներ թե՛ կոծկման գործընթացներ, թե՛ քրեական գործի շրջանակում էնպիսի մեղադրանքներ ներկայացներ մարդկանց, որոնք այդպիսի որևէ մեղք չէին գործել: Համոզված եմ, որ նախաքննական մարմինը անպայման իրեն հարցեր կուղղի և դա կներառի քրեական գործի շրջանակներում բացահայտումների մեջ»:
Հարցին, թե արդյոք Վահագն Հարությունյանը Մարտի 1-ի գործը չբացահայտելու համար պետք է կրի քրեական պատասխանատվություն, Անդրանիկ Քոչարյանը պատասխանեց․ - «Բոլորը պետք է կրեն պատասխանատվություն, եթե կատարել են ապօրինի գործողություններ: Կարևոր չի՝ դա արել է ցուցարարը, թե գործ սարքող քննիչը: Մարտի 1-ի ամբողջական բացահայտումը ես պատկերացնում եմ էդպես։ Բոլոր հրաման տվողները, որոնց ապօրինի հրամանների արդյունքում մեր քաղաքացիները մահացան, տասնյակ քաղաքացիներ ենթարկվեցին հետապնդման և հայտնվեցին մեկուսարաններում: Պատասխանատվության պետք է ենթարկվեն բոլորը, ում ապօրինի գործողությունների արդյունքում տեղի ունեցավ Մարտի 1-ը»:
Մարտի 1-ի գործի քննչական խմբի նախկին ղեկավար Վահագն Հարությունյանն անցած տարիներին լրագրողների հետ հանդիպումներում հայտարարել էր, թե գործի քննությունը թերի չի կատարվում: Միևնույն ժամանակ ասել էր, թե իրեն ևս չի բավարարում գործի քննությունը․ - «Չի կարող բավարարել էնքանով, քանի դեռ արդյունք ասվածը որպես այդպիսին, տասը անձանց մահվան հանգամանքների բացահայտումը և այլ հանցագործությունների դեպքերի բացահայտումը վերջնական չէ: Բայց դա չի նշանակում, որ քրեական գործի նախաքննությունը կատարվի թերի, ոչ լիարժեք կամ միակողմանի»:
Հարությունյանը մի շարք ուշագրավ հայտարարություններ էր արել գործը քննելու երեք տարիների ընթացքում։ Նախ հայտարարել էր, թե ընդդիմադիրները ուղղակի պարտավոր էին կանխատեսել [սպանությունների հավանականությունը] և թույլ չտալ», հետո էլ հայտարարել, թե հաստատվել է, որ ոստիկանության սպա Համլետ Թադևոսյանը և ոստիկանության զորքերի զինծառայող Տիգրան Աբգարյանը սպանվել են զանգվածային անկարգությունների մասնակիցների գործողությունների հետևանքով:
Հարությունյանը նաև նշել էր, թե զոհերից մեկը, ով մահացել էր բութ առարկայից ստացված գանգուղեղային վնասվածքից, նույնպես կարող է սպանված լինել զանգվածային անկարգության մասնակիցների գործողությունների արդյունքում։
Նա նաև հայտարարել էր, թե 2008-ի մարտի 1-ին ոստիկանության զորքերի կազմում եղած դիպուկահարը մեկ կրակոց է արձակել, և այդ կրակոցով կանխել է երկրորդ կրակոցը զինվորների շարքերի ուղղությամբ:
«Տվյալ դեպքում ավելի քան օգտակար է եղել նրա ներկայությունը, քանի որ Լեո փողոցում, որտեղ դիպուկահարը տեղակայված է եղել, զանգվածային անկարգության մասնակցի կրակոցից սպանվել է զինվորականը», - 2008-ի նոյեմբերի 21-ին ասել էր Վահագն Հարությունյանը։
Հայաստանի երրորդ նախագահ Սերժ Սարգսյանը դեռ 2011-ին հայտարարել էր Մարտի 1-ի գործին նոր թափ հաղորդելու մասին։
Մարտի 1-ի զոհերից Գոռ Քլոյանի հայրը՝ Սարգիս Քլոյանն «Ազատության» հետ զրույցում պատմում է, որ մի քանի անգամ հանդիպել է Վահագն Հարությունյանին։ Նա պնդում է, թե Հարությունյանը մտադիր չէր բացահայտել այդ հանցագործությունը և որ հենց Սերժ Սարգսյանի հրամանն էր կատարում․ - «Սերժ Սարգսյանը ինչ ասել ա, նա էլ կատարել ա․․․ Եվ դա եղավ հիմնական պատճառը, որ գնդապետի կոչումից ստացավ գեներալ-մայորի կոչում հանուն նրա, որ կատարեց Սերժ Սարգսյանի հրամանը՝ չբացահայտեց Մարտի 1-ի էջը»:
Չնայած ընդդիմադիրների հրապարակած տեսանյութին, որտեղ երևում էր Պաշտպանության նախարարության ավտոմեքենան և զինվող տղամարդը՝ Հարությունյանն իր հարցազրույցներից մեկում պնդել էր, թե բանակը ներգրավված չի եղել հետընտրական գործընթացներին։
Մինչդեռ Հատուկ քննչական ծառայությունը Մարտի 1-ի գործին միացված նոր դրվագի շրջանակներում քննում է նաև 2008-ի արյունալի իրադարձություններին բանակի հնարավոր ներգրավման հարցը:
