Կրթությամբ բանասեր, Տարտուի համալսարանի ասպիրատուրայում թեկնածուական դիսերտացիան պաշտպանած ու 1972-ից Երեւանի պետական համալսարանում դասախոսող Ռաֆայել Պապայանն իր ամբողջ կյանքն ապրել է «Մարդու իրավունքը աստվածային արժեք է» սկզբունքով: Խորհրդային տարիներին նման այլախոհությունը մեծ խիզախություն էր պահանջում: ՊԱԿ-ի պահանջով դասավանդելու իրավունքից զրկված Պապայանը 1982-ին ձերբակալվել է եւ «հակասովետական ագիտացիա եւ պրոպագանդա» մեղադրանքով դատապարտվել 4 տարի ազատազրկման` հետագա 2 տարվա աքսորով։
Հայրենիք վերադառնալուն պես շարունակել է իրավապաշտպան գործունեությունը։ Եղել է Ղարաբաղյան շարժման ակտիվ մասնակից, աշխատելով արտերկրի լրատվական միջոցների հետ` ստանձնել է միջազգային հանրությանը՝ Հայաստանում ծավալված իրադարձությունների մասին հավաստի տեղեկություններ հասցնելու պարտականությունը։
1989-ին հիմնադրել է Մարդու իրավունքների հայկական լիգան եւ եղել է դրա նախագահը։
1990-1995թթ. Ռաֆայել Պապայանը եղել է Հայաստանի Հանրապետության Գերագույն խորհրդի պատգամավոր, խորհրդարանի Մարդու իրավունքների մշտական հանձնաժողովի նախագահ, իսկ 1995-1997թթ.` Հայաստանի Հանրապետության Ազգային ժողովի պատգամավոր, գիտության, կրթության եւ մշակույթի մշտական հանձնաժողովի նախագահ։
1997 թվականին ՀՀ Ազգային ժողովի կողմից Պապայանը նշանակվում է ՀՀ սահմանադրական դատարանի անդամ, որտեղ աշխատում է մինչեւ իր կյանքի վերջը: Մայր Աթոռ Ս. Էջմիածնի Գերագույն Հոգեւոր խորհրդի անդամ էր1991 թվականից:
Ռաֆայել Պապայանը հեղինակ է քնարական մի շարք ժողովածուների, գրականագիտական, իրավագիտական, հրապարակախոսական ավելի քան 150 հոդվածների, թարգմանական գրքերի` հրատարակված Երեւանում, Մոսկվայում, Ս.Պետերբուրգում, Դորպատում, Փարիզում։
Ռաֆայել Պապայանի մահվան կապակցությամբ վարչապետ Տիգրան Սարգսյանի որոշմամբ ստեղծվել է կառավարական հանձնաժողով` Սահմանադրական դատարանի նախագահ Գագիկ Հարությունյանի գլխավորությամբ։
